Pirmās liecības vēstures dokumentos par Livonijas ordeņa Mālpils pili ir no 1413. gada. Tā atradusies apmēram 150 m uz austrumiem no Mālpils luterāņu baznīcas.
Poļu–zviedru kara laikā 1626. gadā poļu armija atkāpjoties uzspridzināja Mālpils ordeņa pili. Zviedru Vidzemes laikā 1625. gadā Mālpils muižu piešķīra pulkvedim Nilsam Asersonam Manneršildam, bet 1680. gados veiktās muižu redukcijas laikā tā nonāca Zviedrijas valsts īpašumā.
1753. gadā Krievijas impērijas ķeizariene Elizabete Mālpils muižu piešķīra pulkveža Melgunova sievai un kādai Strausa kundzei. 1760. gadā pašreizējā vietā uzcēla jaunu Mālpils muižas kungu māju. 18. gadsimta otrajā pusē Vidzemes landrāts Gustavs Vilhelms fon Taube, kuram piederēja blakus esošā Vites muiža, apvienoja Mālpils un Vites muižas, un kopš tā laika tādas tās arī palikušas. Tolaik izveidoja muižas centra apbūvi, muižas parku un izraka dīķi. 1775. gadā pēc landrāta Gustava Vilhelma fon Taubes nāves muižu mantoja viņa dēls Frīdrihs Vilhelms fon Taube.
1806. gadā Frīdrihs Vilhelms fon Taube par 132 000 dālderiem muižu ieķīlāja kolēģijas padomniekam Vilhelmam fon Blakenhāgenam. 1820. gadā landrāts Frīdrihs fon Grote nopirka muižu vairāksolīšanā par 105 000 sudraba rubļiem, 1836. gadā to mantoja viņa dēls Aleksandrs fon Grote.
1905. gada revolūcijas laikā (naktī no 27. uz 28. novembri ) Mālpils muižas teritorijā esošo kungu māju nodedzināja. Ēkā izdega pilnīgi visas koka daļas, palika tikai nama mūra sienas. Pēc nemieru apspiešanas muižā atgriezās vecais īpašnieks Aleksandrs fon Grote. Pēc viņa pasūtījuma no 1907. līdz 1911. gadam Cēsu būvuzņēmēja J. Mengela vadībā pilī notika atjaunošanas darbi. Projektu izstrādātāja arhitekts Vilhelms Bokslafs.
1914. gadā muižu mantoja Aleksandra fon Grotes meita Elza, kuru tautā sauca par freileni. Šajā laikā muiža bija skaista un sakopta. Pēc 1920. gada agrārās reformas Elzai fon Grotei nācās šķirties no lielākās daļas muižas īpašumu. Viņai atstāja 50 hektārus zemes līdz ar saimniecības ēkām, dzirnavām, oranžēriju un pārvaldnieku māju, kur Elza saimniekoja līdz 1939. gada rudenim, kad devās uz Vāciju.
Pēc 1920. gada agrārās reformas muižas ēkās atradās Mālpils sešu klašu pamatskola, bet 1929. gadā to nodeva Latvijas Nacionālo atvaļināto karavīru biedrībai, kas nolēma bijušajās muižas ēkās ierīkot sanatoriju "Lāčplēši". 1935. gadā bijušās muižas ēkas nopirka Mālpils pienotavas grāmatvedis Teodors Kerselis.
Pēc Latvijas okupācijas 1940. gadā ēkas nacionalizēja, te atradās Mājturības tehnikums (1940–1949), 1949. gadā tajās atvēra Mālpils Hidromeliorācijas un celtniecības tehnikumu, kas šeit pastāvēja līdz 1965. gadam. Dārza māja tika pārbūvēta, un tur iekārtoja audzēkņu guļamistabas. Kādreizējās oranžērijas vietā izveidoja mazgātuves un tualetes, tika aizmūrēta parādes durvju aile. Bijušajā stallī un ratnīcā ierīkoja mehāniskās darbnīcas un dzīvokļus. Arī pārējās muižas kompleksa ēkas tika pārveidotas par dzīvokļiem un darbnīcām.
1965. gadā bijušajās muižas ēkās izvietojās Mālpils sovhoza administrācija, bet 1966. gadā šeit iekārtoja Mālpils Zemkopības un meliorācijas muzeju.
1992. gadā Mālpils muižu atdeva T. Kerseļa mantiniekam Andrim Kerselim.
2003. gadā Mālpils muižu iegādājās tagadējais muižas īpašnieks Aldis Plaudis. Muižas restaurācija sākās 2006. gadā un noslēdzās 2008. gada augustā.
Uzziņai
∙ Atrodas: Mālpilī, Pils ielā 6.
∙ Atvērta viesiem katru dienu no 9.00 līdz 19.00, iepriekš piesakoties.
∙ Mālpils muižas Kungu mājā iekārtota dizaina viesnīca ar
22 izsmalcinātiem numuriem. Katrs viesu numurs ir ar individuāli veidotu dizainu.
∙ Mālpils muižas restorāns lepojas ar atkārtotu iekļūšanu Latvijas labāko restorānu topā.
Mālpils muiža ir izcils 19. gadsimta klasicisma arhitektūras piemineklis – plašs baroka stila parks, gleznaina dabas ainava, dīķis, kurā čalo strūklaka un zied ūdensrozes.
