Piparkūku jeb medus raušu dzimtene ir Tuvie Austrumi, kur tos cepa jau pirms 5000 gadu. Turklāt tolaik gan Ēģiptes faraonu galmā, gan Romas impērijā ļaudis ticējuši, ka piparotajiem medus raušiem piemīt īpašs spēks, un tos izmantojuši, lai atvairītu dēmonus, pielabinātos dievībām un dotu līdzi mirušajiem aizsaulē. Savukārt Senajā Grieķijā piparkūkas sauca par ingvera maizītēm, jo to lika klāt šiem cepumiem, lai paildzinātu ēdiena mūžu.

Eiropā piparkūkas pazīstamas kopš 992. gada, kad Francijā to pagatavošanu sāka mācīt armēņu mūks Nikopoles Gregorijs citiem amata brāļiem. Mūki Kārļa Lielā valdīšanas laikā piparkūkas esot gatavojuši, lai tās pārdotu klosteru aptiekās kā zāles, jo medum tika piedēvētas dziedinošas īpašības. Bet 15. gadsimtā Eiropā medus, miltu un aromātisko garšvielu plācenīši pamazām nonāca arī turīgo patriciešu mājās.

Jāteic, ka iemesls, kāpēc piparkūkas sendienās bija ļoti dārgas bija tas, ka to pagatavošanai tiek izmantotas sastāvdaļas no visiem zemes nostūriem, proti, kardamons, koriandrs, melnie un smaržīgie pipari un pūdercukurs, kas tolaik nebija pa kabatai kuram katram.

Vēlāk piparkūkas kļuva par katra tirdziņa delikatesi, un pirmie 14 oficiāli atzītie piparkūku cepšanas meistari Eiropā savu amata ģildi izveidoja 1643. gadā Vācijā. Divus gadus vēlāk tika izdoti speciāli "piparkūku statūti", kas strikti reglamentēja ar piparkūkām saistītos jautājumus un, piemēram, noteica, ka pārdot piparkūkas ir tiesības tikai tiem, kam pieder sava krāsns.

Turklāt 17. gadsimtā no tirdziņiem piparkūkas tika nestas mājās kā piemiņas lietas. Tāpat cilvēki ievēroja virkni tradīciju, piemēram, Ziemassvētkos tajās iecepa monētu, un, kas to uzkoda, nākamajā gadā kļuva bagāts. Savukārt neprecētajām sievietēm bija jāapēd piparkūku vīriņš, tad tika pie īstā puiša.

Jāatzīmē, ka piparkūku vīriņu esot izgudrojusi Anglijas karaliene Elizabete I. Viņa par godu viesiem lika izgatavot piparkūku cilvēciņus, lai vēlāk tos viņiem dāvinātu. Savukārt piparkūku mājiņa radās 19. gadsimtā, ļaudīm iedvesmojoties no Hansa Kristiana Andersena pasakas "Ansītis un Grietiņa".

Latvijā un Ziemeļeiropā piparkūku cepšanas tradīcijas ieceļojušas no Vācijas.